La Cripta venne realizzata, sempre in epoca medievale e probabilmente a seguito del crollo dell'abside centrale. Nella sua costruzione furono impiegati materiali di reimpiego (colonne e capitelli in pietra) risalenti al periodo longobardo (VI e VII secolo). Conseguentemente si realizzo' un presbiterio rialzato e da quel momento un muro piano sostitui' il fondale absidale concavo della navata centrale.

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